Бутовский полигон — место массовых расстрелов и захоронений жертв политических репрессий 30-х годов XX столетия. Находится в 6 км по Варшавскому шоссе за пределами Московской кольцевой автодороги (МКАД) в Ленинском районе Московской области на земле бывшей старинной усадьбы Дрожжино, известной с XVI века. Документально известно, что только в период с 8 августа 1937 года по 19 октября 1938 года здесь было расстреляно около 20762 человека, в возрасте от 15 до 80 лет. Среди расстрелянных на Бутовском полигоне — преимущественно простые русские крестьяне и рабочие, но есть и известные люди: председатель II Государственной Думы Федор Головин, крупный инженер, один из первых русских летчиков Николай Данилевский, художники – Александр Древин, Роман Семашкевич и др., представители старинных русских дворянских родов Ростопчиных, Тучковых, Гагариных, Шаховских, Оболенских, Олсуфьевых, Бибиковых, группа генералов царской армии. В списке жертв Бутовского полигона — 939 священнослужителей и мирян Русской Православной Церкви, пострадавших за веру.

РПЦ прославлены в лике святых свыше 332 мучеников, убиенных на Бутовском полигоне. Первым из них, в 1997 году, канонизирован митрополит Серафим (Чичагов), известный также как талантливый медик, писатель, живописец и композитор. За 1937 год в Бутове были расстреляны еще шесть иерархов РПЦ, многие иноки из братии Троице-Сергиевой лавры во главе с последним (до ее закрытия) наместником — преподобномучеником Кронидом (Любимовым).
Музей расположен в историческом месте,  в деревянном флигеле усадьбы Дрожжино-Бутово. Это выявленный объект культурного наследия в составе памятника истории "Бутовский полигон". В этом здании в тридцатые годы XX века размещалась комендатура Бутовской спецзоны НКВД.  В помещениях флигеля реконструированы интерьеры начала XX века и создана уникальная музейная экспозиция. 

Экскурсия проводится научными сотрудниками музея. Она предполагает посещение четырех залов основной экспозиции и обзорное знакомство с временными выставками. Длительность экскурсии 2 часа (12+).  

Экскурсия проводится научными сотрудниками музея за пожертвоание (рекомендованный размер пожертвования сотавляет 600 рублей с человека). Минимальное количество в группе — 10 человек, максимальное — 25.